Naya dirigió cerca de 400 encuentros oficiales entre Segunda y Segunda B. Fue un auténtico trotamundos de los banquillos que pasó por Cádiz CF, Orense, Burgos, Deportivo, Real Murcia, Levante, Recreativo, Linares, Castellón, Deportivo Alavés, Granada, Xerez CD, Real Burgos y Sabadell. Antes se había forjado en clubes como Júpiter Leonés (filial de la Cultural y Deportiva Leonesa), Hullera, Alcalá , Toledo, Real Madrid Aficionados y la selección castellana.

Su mayor éxito fue el ascenso del Real Burgos a Primera en la temporada 1989/1990, aunque no llegó a entrenar a los norteños en la máxima categoría del balompié nacional porque tomó las riendas otros histórico como José Manuel Díaz Novoa. Una escuadra en la que jugaban Bastón, Ribera, Tocornal, Barbaric, Juric y Magdaleno, entre otros. También logró el ascenso con el Levante a Segunda en la temporada 1978/1979.